Najważniejsze wyzwania agencji określono w art. 5 ustawy powołującej Krajowy Zasób. Główny cel, do którego odnoszą się trzy z dziewięciu zdefiniowanych wyzwań to wspieranie budownictwa czynszowego lub socjalnego („tworzenie warunków do zwiększania dostępności mieszkań, w szczególności przez wykorzystywanie nieruchomości wchodzących w skład Zasobu do realizacji inwestycji mieszkaniowych i mieszkań o czynszu normowanym"). Drugi, wyraźny cel to podnoszenie wartości nieruchomości będących w zasobie KZN poprzez „finansowanie lub współfinansowanie, realizacji uzbrojenia technicznego terenu”.
Zdaniem eksperta dr inż. Michała Domińczaka z Klubu Jagiellońskiego nowa agencja stanie się bez wątpienia bardzo silnym graczem na rynku dysponując ogromnym zasobem nieruchomości oraz narzędziami wsparcia i kontroli inwestycji mieszkaniowych, w tym możliwością tworzenia spółek celowych dla potrzeb budowy mieszkań na wynajem. Niezależnie od rodzaju, pierwszeństwo w dostępie do mieszkań będą miały osoby nie posiadające nigdy (nawet jako współwłaściciele) żadnej nieruchomości. To oznacza, że działanie KZN jest de facto przeznaczone dla mieszkańców (i ich potomków) budynków komunalnych oraz ludzi młodych, którzy nie zdążyli jeszcze niczego odziedziczyć. Ustawa dopuszcza także sprzedaż nieruchomości osobom fizycznym dla potrzeb budownictwa jednorodzinnego. Pozytywnie należy również wyróżnić niektóre rozwiązania zaproponowane przez ministerstwo takie jak pomysł łączenia mieszkań na wynajem z mieszkaniami komercyjnym czy możliwość wsparcia przez KZN przedsięwzięć rewitalizacyjnych
- Niestety stworzenie Krajowego Zasobu Nieruchomości choć w założeniu słuszne, ma swoje wady - uważa dr Domińczak. - Mimo, że KZN z pewnością uprości zarządzenie nieruchomościami Skarbu Państwa rozsianymi do tej pory wśród wielu agencji rządowych to planowany zakres działania tej instytucji wydaje się za duży. Z ustawy wynika bowiem, że KZN ma być jednocześnie instytucją zarządzającą, finansującą, kontrolującą i badawczą. Może nawet przygotowywać projekty budowlane poszczególnych inwestycji (czyli pełnić funkcje inwestora zastępczego), co jeszcze bardziej skomplikuje jego działanie. Ponadto wkrótce KZN będzie udziałowcem kilkudziesięciu spółek celowych w całym kraju powołanych dla realizacji inwestycji mieszkaniowych. Ich kontrolowanie będzie zapewne wymagać ogromnej ilości specjalistów, co z pewnością podniesie koszty funkcjonowania tej instytucji - dodaje ekspert.
Dr Domińczak negatywnie ocenia całkowite wykluczenie spółdzielczości mieszkaniowej z możliwości korzystania z KZN, co wyrzuca na margines nie tylko istniejące, wielkie spółdzielnie, ale również w istotny sposób blokuje powstawanie nowych kooperatyw budowlanych.
Ustawę z  20 lipca 2017 r. o Krajowym Zasobie Nieruchomości opublikowano w Dzienniku Ustaw z 11 sierpnia 2017 r. pod pozycją 1529. Wejdzie w życie po upływie 30 dni od dnia ogłoszenia z wyjątkiem kilku artykułów, które już obowiązują. Np. dotyczących wydania rozporządzenia w sprawie wykazu nieruchomości przekazywanego KZN przez właściwe organy, sposobu jego prowadzenia oraz przekazywania, kierując się potrzebą zagwarantowania poprawności i kompletności zawartych w wykazie informacji oraz zapewnienia sporządzania i przekazywania wykazów w sposób jednolity.
Obowiązuje już też przepis, mówiący że KZN jest państwową osobą prawną.