Prokuratura zarzuca byłemu komendantowi zarzuca przekroczenie uprawnień w związku z pełnieniem funkcji publicznej, m.in. poprzez ujawnienie tajemnicy państwowej oraz służbowej, utrudnianie postępowania karnego, przyjęcie korzyści majątkowej oraz groźbę użycia broni palnej wobec funkcjonariuszy Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, wywierając w ten sposób wpływ na czynności urzędowe organu administracji rządowej.

W sprawę zaangażowała się Helsińska Fundacja Praw Człowieka, która zwróciła się do prezesa Sądu Okręgowego z prośbą o zbadanie sprawy oraz podjęcie działań, mających na celu przyspieszenie postępowania w sprawie gen. M.K., które toczy się już od 5 lat.
Gen K. w sierpniu 2009 r. złożył do Sądu Okręgowego wniosek o prowadzenie całego postępowania sądowego od początku z uwagi na fakt, iż od ostatniej czynności dowodowej w sprawie upłynęło 17 miesięcy. Sąd nie uwzględnił wniosku, stwierdzając na wstępie, iż: „M.K. już w pierwszym zdaniu uzasadnienia swego wniosku mija się z prawdą, gdy twierdzi, że od ostatniej czynności dowodowej w sprawie minęło 17 miesięcy. Ostatnia czynność dowodowa miała miejsce 1 września 2008 r., a więc minęło od niej 12 miesięcy, co niewątpliwie jest okresem znacznym, ale mniejszym niż sugerowany przez oskarżonego.” Sąd stwierdził ponadto, że: „ M.K. dołożył starań, aby postępowanie to możliwie przewlec.”
Dnia 14 września 2009 r.  K. zwrócił się do prezesa Sądu Okręgowego z prośbą o zbadanie sprawy w trybie nadzoru administracyjnego, stwierdzając, iż „ uzasadnienie do tegoż postanowienia (…) zawiera elementy nieprawdziwe (…) albowiem nie znajdują podane tam fakty żadnego potwierdzenia w aktach i dokumentach.”
Helsińska Fundacja Praw Człowieka w swoim liście do prezesa Sądu Okręgowego zwróciła uwagę na fakt, iż Europejski Trybunał Praw Człowieka zasądził już na rzecz  gen. K. odszkodowanie za zbyt długie stosowanie środka zapobiegawczego w postaci tymczasowego aresztowania w tym postępowaniu. Zdaniem Fundacji dwunastomiesięczna przerwa w obradowaniu sądu może przyczyną kolejnej skargi przeciwko Polsce, tym razem ze względu na przewlekłość prowadzonego postępowania (art. 6 Europejskiej Konwencji Praw Człowieka). Zdaniem Fundacji długotrwałość postępowania karnego jest w przypadku  K. tym bardziej uciążliwa, że po uchyleniu tymczasowego aresztowania Sąd zastosował wysokie poręczenie majątkowe.