Za uchwaleniem ustawy głosowało 230 posłów, 202 było przeciw.

Wśród odrzuconych poprawek znalazły się wnioski opozycji, które przewidywały m.in. zakaz dopuszczania do obrotu materiału siewnego modyfikowanego genetycznie, czy zakaz stosowania takiego materiału siewnego.

Jan Szyszko z PiS powiedział przed głosowaniem, że "dawno nie widział takiej niekompetencji rządu", . "W wyborach parlamentarnych PO i PSL były całkowicie przeciwko GMO. Dlaczego w takim razie tej chwili wprowadzacie GMO?" - pytał Szyszko. Zaznaczył, że bierze pełną odpowiedzialność za swoje słowa, bo - jak zapewniał - zna się na sprawie.

Romuald Ajchler (SLD) ocenił, że rząd jest bierny w pracach nad ustawą o GMO. Przekonywał, że zgłoszone przez opozycję poprawki, które miały zabezpieczyć Polskę przed wprowadzeniem do obrotu nasion genetycznie zmodyfikowanych, zostały odrzucone przez Sejm.

"SLD nie bardzo wierzy ministrowi rolnictwa, że nie dopuści do obrotu nasionami genetycznie zmodyfikowanymi, dlatego że mamy przykład pana ministra Gowina, który likwiduje 79 sądów w Polsce swym rozporządzeniem właśnie, wbrew nawet opinii części swojego klubu" - mówił.

"Dlatego SLD nie poprze tej ustawy, ponieważ (...) nie chcemy, aby Polska była krajem, gdzie uprawia się rośliny genetycznie zmodyfikowane bez ograniczeń" - mówił.

Wicepremier, minister gospodarki Waldemar Pawlak zapewnił, że ustawa umożliwia skuteczne zatrzymanie różnego rodzaju produktów z GMO. "Przepisy europejskie nie pozwalają generalnie zabronić uprawy GMO, ale pozwalają poprzez decyzje oparte o badania (...) zablokować każdy przypadek, który będzie wywoływał szkodliwe konsekwencje" - powiedział Pawlak. "To jest praktyczny i skuteczny sposób zatrzymania szkodliwości GMO i wszyscy oponenci tej ustawy doskonale o tym wiedzą" - dodał.

Pawlak zaznaczył, że na przykład soja, która jest stosowana jako pasza w produkcji zwierzęcej, jest modyfikowana genetycznie. "Jeżeli będą tego typu histeryczne i bezpodstawne zarzuty, to państwo tymi zarzutami budujecie bardzo złą reputację wokół produktów wytwarzanych w Polsce" - powiedział wicepremier.

Posłanka Dorota Niedziela (PO) mówiła wcześniej, przedstawiając sprawozdanie komisji rolnictwa oraz środowiska z prac nad projektem, że zgodnie z nim możliwy będzie obrót materiałem siewnym, w tym nasionami wpisanymi do europejskiego rejestru (m.in. nasionami GMO - PAP), gdyż za brak takiego unormowania grożą Polsce unijne kary.

Dodała, że uwzględniono także propozycję rządu, która umożliwia wydanie przez Radę Ministrów rozporządzenia zakazującego uprawy GMO. Taki dokument może być wydany przez rząd bez konsultacji z UE, a jedynym warunkiem będzie powiadomienie Unii o tym przez ministra rolnictwa. Według Niedzieli jest to jeden z najprostszych sposobów, który pozwoli zakazać w naszym kraju uprawiania roślin genetycznie modyfikowanych. Podkreśliła, że w ten sposób będzie można uruchomić instrumenty pozwalające na kontrolowanie upraw na polach.

Organizacja ekologiczna Polska Wolna od GMO alarmowała wcześniej, że część zapisów zawartych w prezydenckim projekcie została usunięta przez posłów. Chodzi o artykuły dotyczące GMO, które miały pozostać w mocy, m.in. przepis, w myśl którego odmian GMO nie wpisuje się do krajowego rejestru upraw.

Zdaniem eksperta tej organizacji Pawła Połaneckiego w uzasadnieniu do projektu ustawy prezydent stwierdził, że sprawa budzi wiele kontrowersji, więc okoliczności uzasadniają utrzymanie przepisów dotyczących odmian GMO zawartych w ustawie z 26 czerwca 2003 r. do czasu przyjęcia kompleksowej ustawy dotyczącej GMO.

Poseł Krzysztof Ardanowski (PiS) przekonywał podczas obrad sejmowych komisji rolnictwa oraz środowiska omawiających dokument, że zmiany wprowadzone do projektu prezydenckiego są wbrew intencjom Bronisława Komorowskiego, który opowiedział się za utrzymaniem zakazu rejestracji upraw GMO.

Według ministra w Kancelarii Prezydenta Olgierda Dziekońskiego nie będzie problemu naruszenia intencji prezydenta, jeżeli w ustawie znajdzie się przepis dopuszczający do rejestracji GMO, ale jednocześnie wprowadzone będą przepisy pozwalające na zakaz uprawiania takich roślin.