KSeF – specyficzne wyzwania dla jednostek sektora finansów publicznych

16 grudnia 2025

Wprowadzenie obowiązkowego Krajowego Systemu e‑Faktur (KSeF) nie przewiduje dla sektora finansów publicznych żadnych zwolnień, wyjątków ani odroczeń. Jednostki samorządu terytorialnego (JST), jednostki budżetowe i zakłady budżetowe zostaną więc objęte tymi samymi wymogami, co podmioty komercyjne. Jednak ze względu na scentralizowane rozliczenia VAT i rozbudowane struktury organizacyjne, wdrożenie KSeF w samorządach wiąże się z szeregiem specyficznych wyzwań, na które kierownicy jednostek oraz osoby odpowiedzialne za księgowość powinny zwrócić szczególną uwagę.

Terminy wdrożenia – jak prawidłowo ustalić moment wejścia w obowiązek

Podstawą do ustalenia terminu obowiązkowego wystawiania faktur w KSeF jest łączna wartość sprzedaży (brutto) zrealizowanej przez całą JST, a nie przez poszczególne jednostki organizacyjne. Wynika to z faktu, że – zgodnie z wyrokiem TSUE z 29.09.2015 r., C‑276/14 Gmina Wrocław – gmina wraz z jednostkami budżetowymi stanowią jednego podatnika VAT.

Zgodnie z definicją sprzedaży – art. 2 pkt 22 ustawy o podatku od towarów i usług (u.p.t.u.) sprzedaż obejmuje wyłącznie:

  1. odpłatną dostawę towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju,
  2. eksport towarów,
  3. wewnątrzwspólnotową dostawę towarów.

Do limitu nie wlicza się m.in. WNT i importu usług – choć są wykazywane w JPK_VAT, nie stanowią „sprzedaży” w rozumieniu u.p.t.u.

  • Kluczowe daty wejścia w obowiązek wystawiania faktur w KSeF

Termin

JST, których dotyczy

1 lutego 2026 r.

JST z łączną sprzedażą powyżej 200 mln zł w 2024 r.

1 kwietnia 2026 r.

JST z łączną sprzedażą do 200 mln zł w 2024 r.

1 stycznia 2027 r.

JST, u których miesięczna sprzedaż nie przekracza 10 000 zł

Uwaga: obowiązek odbierania faktur wystawianych w KSeF powstaje dla wszystkich JST już 1 lutego 2026 r., niezależnie od wielkości sprzedaży.

  • Instytucje kultury i spółki komunalne – zasada odrębności

Jednostki organizacyjne nieobjęte wspólnym rozliczeniem VAT, takie jak:

  • instytucje kultury,
  • samorządowe osoby prawne,
  • spółki komunalne,

ustalają limity wyłącznie na podstawie własnej sprzedaży, a nie sprzedaży całej JST.

To powoduje, że terminy dla tych jednostek mogą różnić się od terminów samej gminy.

Modele uprawnień w KSeF – kluczowy element organizacyjny

Aby jednostka mogła prawidłowo wystawiać i odbierać faktury w KSeF, JST musi wdrożyć jeden z dostępnych modeli dystrybucji uprawnień:

  • Model dedykowany JST – w oparciu o NIP jednostek podległych

Ten model umożliwia nadawanie uprawnień na podstawie numerów NIP jednostek, które posiadają ten identyfikator np. jako płatnicy PIT lub podatnicy CIT.

Pierwszy krok to uwierzytelnienie JST w KSeF, możliwe na dwa sposoby:

  1. kwalifikowana pieczęć elektroniczna JST (z NIP JST) – daje pełne uprawnienia właścicielskie,
  2. zawiadomienie ZAW‑FA – złożone w urzędzie skarbowym, wskazujące pierwszą osobę fizyczną upoważnioną do działania w imieniu JST.

Uwaga!

  • ZAW‑FA składa się tylko raz, dla wskazania pierwszej osoby.
  • Dalsze uprawnienia nadaje już wyznaczona osoba bezpośrednio w KSeF.
  • JST może być reprezentowana przez jedną osobę w trybie ZAW‑FA.

Administrator jednostki podległej może następnie uzyskać uprawnienia m.in. do:

  • zarządzania uprawnieniami w swojej jednostce,
  • wystawiania faktur,
  • dostępu do faktur otrzymywanych przez jednostkę.

Warunkiem technicznym jest to, że model wymaga aktualnych NIP jednostek na formularzu NIP‑2, dlatego konieczne jest bieżące ich aktualizowanie.

  • Model oparty na identyfikatorach wewnętrznych (ID WEW)

Model uniwersalny, dostępny dla wszystkich podatników. JST musi najpierw utworzyć ID WEW dla jednostek podległych, a dopiero później nadawać uprawnienia.

Model umożliwia budowanie wielopoziomowych struktur uprawnień – JST może korzystać z NIP jednostek, a jednostka może tworzyć ID WEW dla wydziałów.

  • Model hybrydowy

Jednosta organizacyjna może stosować oba modele równolegle – np. do jednostek podległych model NIP, a w jednostkach – ID WEW dla wydziałów.

Odbieranie faktur przez JST – wyzwania praktyczne

W fakturach ustrukturyzowanych dane nabywcy (Podmiot2) zawsze będą wskazywały JST jako podatnika VAT. Aby faktury trafiały do właściwych jednostek, konieczne jest: wypełnianie sekcji Podmiot3 (odbiorca).

Podmiot3 (np. jednostka budżetowa, szkoła, urząd) będzie wskazany jako:

  • „8 – JST odbiorca faktury” (najczęściej),
  • ewentualnie inne role z wykorzystaniem pola „RolaInna” oraz „OpisRoli”.

KSeF nie wymusza na dostawcach wypełnienia sekcji Podmiot3 przy fakturach wystawianych dla JST. Dlatego konieczne są:

  • indywidualne uzgodnienia z dostawcami,
  • odpowiednie konfiguracje w programach finansowo‑księgowych.

System nie odrzuci faktury bez sekcji Podmiot3 – nawet jeśli w części Podmiot2 wskazano JST.

Kluczowe wyzwania dla sektora finansów publicznych

Choć proces implementacji jest skomplikowany ze względu na rozbudowane struktury JST oraz wymogi prawne, KSeF może w dłuższej perspektywie stać się impulsem do automatyzacji procesów, digitalizacji obiegu dokumentów i poprawy efektywności administracji samorządowej.

Wdrożenie KSeF w JST wymaga w pierwszej kolejności:

  • poprawnego ustalenia terminu wejścia w obowiązek w oparciu o łączną sprzedaż JST,
  • wdrożenia spójnego, bezpiecznego modelu uprawnień,
  • zapewnienia aktualnych danych NIP jednostek oraz/lub ID WEW,
  • przygotowania wewnętrznych procedur dot. odbioru faktur,
  • uzgodnień z dostawcami w zakresie wypełniania sekcji Podmiot3.

 

Ewelina Majewska | Product Manager Księgowość i Podatki w Administracji